Si bien ambas condiciones son igualmente responsables de elevados costos en las empresas debido a menor rendimiento laboral, déficit atencional, ausentismo, fallas en el desempeño de su personal, no debe confundirse la somnolencia provocada por una apnea de sueño obstructiva con el síndrome de fatiga crónica, que puede obedecer a disfunciones del sistema nervioso e imunológico, sobre todo en condiciones de alta exigencia o entorno de trabajo inamistoso. Ambas condiciones suelen coexistir, produciendo una suma de efectos y agravando en ese caso los síntomas. Por otro lado pueden confundirse por cuanto algunos síntomas son similares, aunque sus respectivos tratamientos son diferentes.
Es por ello que se sugiere el diagnóstico de ambas condiciones para descartar la una o la otra y en caso de sospechar coexistencia priorizar el tratamiento más simple de la apnea de sueño obstructiva, manteniendo en observación el desarrollo de una posible fatiga crónica, o simplemente descartar esta última si el tratamiento de la primera hubiese sido exitoso por haber revertido los síntomas.
